皖南医学院第二附属医院始建于1949年，前身系中国人民解放军皖南军区直属附院，1982年随着行政区划变更改称宣城地区人民医院，2012年11月经省政府批准整体划转皖南医学院作为直属附属医院，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复多功能于一体的公立三级甲等综合医院。医院总建筑面积13.66万平米，开放床位1710张。现有院本部、北区、湾沚院区、卜家店院区四个院区。设有21个职能科室、55个临床医技科室、21个教研室（组）、1个临床学院。建有国家级皮肤医疗美容示范基地1个、省临床重点专科1个、省“十三五”医疗卫生重点培育专科2个。
医院是中国标准心衰中心单位、中国标准房颤中心单位、中国基层胸痛中心单位、中国防治卒中中心、中国创伤救治联盟创伤救治中心建设单位、国家中医药公共卫生专项重大疑难疾病（糖尿病）临床防治分中心、上海瑞金医院帕金森病联合诊疗中心、安徽省胸科医院肺结节诊疗中心皖南分中心等单位。医院在腔镜、内镜、介入、急危重症救治和多学科诊疗方面均有所突破，医院开展的1470半导体前列腺切除/剜除术、房颤射频消融术、帕金森病脑深部电刺激术（DBS）等技术达到省内先进水平。
医院首批备案泌尿外科专业、内分泌专业、呼吸内科专业、皮肤病专业以及肿瘤科5个专业组。后续拟备案I期临床试验研究室、消化内科专业、神经内科专业、心血管内科专业、血液内科专业、老年病专业、骨科专业、妇科专业、产科专业、儿科、急诊医学科、康复医学科等。